Lãnh đạo Viện: Phụ trách điều hành, quản lý mọi hoạt động chung của Viện
- Viện trưởng: Tiến sĩ Lương Hùng Tiến - Phụ trách chung
- Phó Viện trưởng: Tiến sĩ Trần Văn Chí - Phụ trách Công tác HSSV và Khoa học Công nghệ
- Phó Viện trưởng: Tiến sĩ Nguyễn Xuân Vũ - Phụ trách Đào tạo, Đảm bảo chất lượng.
Hội đồng, văn phòng và các Bộ môn trực thuộc:
- Hội đồng Khoa học, Đào tạo và Đảm bảo chất lượng: Chịu trách nhiệm tư vấn cho Lãnh đạo Viện, đánh giá, thầm định các hoạt động đào tạo, đảm bảo chất lượng giáo dục, chương trình nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ.
- Văn phòng và các trợ lý: Giúp việc cho ban Lãnh đạo Viện trong việc điều hành và quản lý các hoạt động chung của Viện.
- Bộ môn Công nghệ Sinh học: Chịu trách nhiệm chính trong việc tổ chức, quản lý các bậc đào tạo thuộc lĩnh vực Công nghệ sinh học
- Bộ môn Công nghệ Thực phẩm: Chịu trách nhiệm chính trong việc tổ chức, quản lý các bậc đào tạo thuộc lĩnh vực Công nghệ thực phẩm.
- Bộ môn Đảm bảo Chất lượng và An toàn Thực phẩm: Chịu trách nhiệm chính trong việc tổ chức, quản lý các bậc đào tạo thuộc lĩnh vực Đảm bảo chất lượng thực phẩm và Công nghệ sau thu hoạch.
- Dưới sự quản lý của các bộ môn là hệ thống các phòng thí nghiệm, xưởng chế biên, mô hình thực nghiệm với trang thiết bị hiện đại, tiên tiến, tổng vốn đầu tư thiết bị hơn 50 tỷ đồng, tổng diện tích trên 5,6 ha, bao gồm:
- Phòng thí nghiệm sinh học phân tử
- Phòng thí nghiệm Nuôi cấy mô tế bào thực vật
- Phòng thí nghiệm hóa sinh
- Phòng thí nghiệm vi sinh
- Phòng thí nghiệm đánh giá cảm quan
- Phòng thí nghiệm chế biến, bảo quản thực phẩm
- Phòng thí nghiệm công nghệ vi sinh
- Xưởng sản xuất thực phẩm
- Khu nhà lưới: mô hình nghiên cứu và bảo tồn hoa lan
- Mô hình nghiên cứu và phát triển các sản phẩm từ cây chè
- Mô hình nghiên cứu và chuyển giao lĩnh vực công nghệ sinh học, công nghệ thực phẩm và công nghệ vi sinh.
